En los últimos años la Reserva de Calipuy se ha visto afectada por diversas amenazas como:
Extracción de leña:
La escasa vegetación arbórea en la zona hace que la población se concentre en la extracción de plantas arbustivas para sus requerimientos de leña. La extracción de leña arbustiva es a pequeña escala, pero de manera constante. El tipo de leña preferida es el maguey (Furcraea occidentalis, Familia: Agavaceae). La extracción está restringida, sin embargo, la administración del área permite su aprovechamiento previa coordinación y con el permiso correspondiente. La extracción de leña se enfoca en la zona de amortiguamiento en los alrededores de los poblados.
Falta de vigilancia y control por insuficiente personal e infraestructura
La falta de vigilancia y control es el problema más grave del área protegida. Tres guardaparques no son suficientes para ejercer un control efectivo tanto de la reserva como del santuario simultáneamente. Por otro lado, la presencia de estos tres guardaparques en el ár
ea no es constante. En muchos casos se requiere del personal para labores de coordinación institucional o de administración, que los obliga estar realizando actividades en Santiago de Chuco y no en el área. Los puestos de control, si bien ya habilitados, no son utilizados por los guardaparques, quienes cuando están en el área se hospedan en casa de un poblador de Cusipampa, donde han implementado un dormitorio y depósito, y donde la señora dueña de la casa les prepara sus alimentos.
